Il suo successo al Tétouan gli ha permesso di firmare un contratto a lungo termine con il Malaga CF, una società spagnola che gioca nella Liga. Nel gennaio 2018, Youssef ha fatto il suo debutto ufficiale con il Malaga, durante una partita di Coppa del Re contro il Numancia. Anche se non ha segnato durante il suo debutto, ha mostrato abilità e talento nella sua prestazione.
La sua attitudine e la sua formidabile condizione fisica gli hanno permesso di diventare un pilastro della sua squadra. Nel febbraio 2019, ha segnato il suo primo gol nella Liga, contro il Villarreal CF. Questo è stato il primo di molti gol che ha segnato. Nel settembre dello stesso anno, ha segnato una tripletta contro il CD Numancia, durante una partita di Coppa del Re.
Nel dicembre 2019, Youssef En-Nesyri ha firmato un contratto di cinque anni con il Siviglia FC, diventando il stella-del-marocco‘ title=’Youssef En-Nesyri è la stella del Marocco’>stella è destinata a brillare sempre più in alto.