Após se destacar nas categorias de base do Galo, Marques foi promovido para o time principal em 1990, aos 17 anos. Em suas primeiras temporadas como profissional, o jogador teve dificuldade para se firmar como titular, mas em 1995, sua carreira deslanchou.
Naquele ano, Marques se transformou em um dos principais jogadores do Atlético Mineiro, ajudando o clube a conquistar o Campeonato Mineiro e a Copa Conmebol, torneio no qual foi eleito o melhor jogador da competição. Seu desempenho chamou a atenção de outros clubes do país e, em 1997, o atacante se transferiu para o São Paulo.
No Tricolor Paulista, Marques viveu outro grande momento de sua carreira, conquistando o Campeonato Brasileiro de 1998 e o Campeonato Paulista de 2000. Em 2002, o jogador se transferiu para o futebol japonês, onde jogou pelo Kashima Antlers.
Apesar de sua passagem pelo futebol japonês ter sido breve, Marques deixou sua marca na equipe, conquistando a Liga dos Campeões da Ásia em 2003 e a Copa do Imperador em 2004. Em 2005, o atacante retornou ao Brasil, para jogar no Atlético Mineiro, o clube onde iniciou sua carreira.
Em sua segunda passagem pelo Galo, Marques ajudou o time a conquistar dois Campeonatos Mineiros e a chegar à final da Copa Libertadores em 2013, ano em que encerrou sua carreira como jogador profissional.
Durante sua carreira, Marques ficou conhecido por sua habilidade com a perna esquerda, seu faro de gol e sua capacidade de jogar em várias posições do ataque. Além disso, o jogador era uma referência de profissionalismo e dedicação, sempre deixando tudo em campo em prol de sua equipe.
Após encerrar sua carreira como jogador profissional, Marques iniciou uma nova carreira como treinador de futebol. Em 2015, o ex-jogador assumiu o cargo de auxiliar técnico do Atlético Mineiro e, um ano depois, foi promovido a técnico do time sub-20 do clube.
Em sua primeira temporada como treinador, Marques levou o sub-20 do Galo à final da Copa São Paulo de Futebol Júnior, uma das principais competições de base do país. A equipe acabou sendo derrotada pelo Corinthians, mas o desempenho foi considerado um grande feito para o clube.
Atualmente, Marques segue trabalhando como treinador de futebol, ajudando a formar as novas gerações de jogadores no Atlético Mineiro. Sua carreira como jogador o transformou em uma lenda do futebol brasileiro, mas sua dedicação e profissionalismo como treinador também têm sido reconhecidos por todos que trabalham com ele.