Il fatto che Emanuela sia figlia di un dipendente della Santa Sede ha alimentato le teorie del complotto e delle coperture, tanto che la famiglia Orlandi ha sempre chiesto che venga fatto luce sulla vicenda. Inizialmente si pensava che la ragazza fosse stata rapita con la finalità di ottenere un riscatto, ma non furono mai giunte richieste di questo tipo.
In seguito alle prime indagini, venne fatta luce su alcuni dettagli che rendevano ancora più inquietante la vicenda della scomparsa di Emanuela. Venne infatti scoperto che il giorno della scomparsa la ragazza si trovava in piazza Sant’Ignazio, a Roma, dove era stata vista prendere un’autobus. Questa informazione rese subito difficile ricercare la ragazza poiché i mezzi pubblici offrivano molte possibilità di spostamento.
Le indagini sul caso portarono alla luce anche la possibile responsabilità di organizzazioni criminali o di appartenenti alla banda della Magliana, ma fino ad oggi non sono emerse prove sufficienti per stabilire una conclusione definitiva.
Tra gli episodi più inquietanti riguardanti la scomparsa di Emanuela Orlandi, c’è sicuramente la scoperta di alcune lettere anonime che avrebbero indicato la sua presenza all’interno di un istituto religioso gestito dalla Curia romana. Questa ipotesi venne poi smentita, ma alimentò ulteriormente le teorie del complotto e delle coperture nella vicenda della