Nel 1988, Baroni passa al Pisa, dove gioca per altre quattro stagioni e diventa capitano della squadra. Nel 1992, si trasferisce all’Ascoli, giocando per altre tre stagioni e diventando ben presto uno dei migliori giocatori dell’Ascoli e della serie B.
Dopo la fine della sua carriera da calciatore nel 1995, Marco Baroni decide di diventare allenatore e comincia la sua avventura sulla panchina di varie squadre italiane. La sua prima esperienza da allenatore avviene nel 2000, sulla panchina della Scafatese. Successivamente, allenando la Salernitana, porta la squadra alla promozione in serie B nel 2005.
Baroni passa poi al Sassuolo, dove conquista la promozione in serie B nel 2008, portando la squadra dai dilettanti alla terza serie nazionale in soli tre anni. Nel 2011, come allenatore dell’Avellino, porta la squadra alla promozione in serie B dopo undici anni di assenza dalla cadetteria.
Nel 2013, Marco Baroni firma un contratto con la squadra rumena del Petrolul Ploesti, ma l’esperienza non è positiva e Baroni lascia la squadra dopo appena un mese. Nel 2015 allenando l’Entella, porta la squadra alla promozione in serie B, grazie alla vittoria dei playoff.
Nel 2017 Baroni viene scelto come allenatore del Benevento, dove nella sua prima stagione porta la squadra alla storica promozione in serie A, conquistando ben 87 punti nel campionato di serie B.
Tuttavia, la stagione successiva si rivela molto difficile, con la squadra che perde tutte le prime 12 partite di campionato, stabilendo il record negativo di sconfitte consecutive in un campionato di serie A. Nonostante i tentativi di risollevare la squadra, il Benevento è costretto a retrocedere in serie B a fine stagione.
Dopo un breve periodo sulla panchina del Frosinone, Marco Baroni viene scelto nel 2019 come nuovo tecnico dell’Ascoli, squadra in cui ha giocato da calciatore e a cui è molto legato. Nonostante il difficile inizio di stagione, Baroni riesce a guidare la squadra ad una salvezza agevole in serie B.
Marco Baroni è un allenatore con una grande esperienza sia come calciatore che come allenatore. Ha dimostrato di avere una grande capacità di comprendere le caratteristiche delle squadre che ha guidato e di saper creare un gioco efficace ed equilibrato. È un tecnico capace di motivare i suoi giocatori e di far emergere il meglio di ogni atleta. Grazie alla sua esperienza e alla sua capacità di costruire e gestire una squadra, Marco Baroni è considerato uno dei migliori allenatori italiani del momento.