Roncaglia ha iniziato la sua carriera nelle giovanili del Boca Juniors, il club argentino più famoso e titolato. Ha debuttato in prima squadra nel 2006 e ha vinto il suo primo titolo con la maglia del Boca Juniors l’anno successivo, quando ha giocato come centrale difensivo insieme a Rolando Schiavi. Nel 2008 passa alla Undinese, dove gioca per cinque anni e dove diventa il calciatore straniero con più presenze in assoluto nella storia del club, superando il record dell’uruguaiano Antonio Di Natale.
Nel 2013 passa al Celta Vigo, club della Liga spagnola, in cui si impone subito come titolare grazie alla sua grande versatilità. Nella giornata 7 della stagione 2014-2015 segna il suo primo gol con la squadra galiziana, nella partita pareggiata contro il Granada.
Una delle sue migliori performance da centrale difensivo fu la partita contro il Real Madrid, il 25 ottobre 2014. Roncaglia fu il pilastro difensivo su cui si basava la tattica del Celta, che si impose per 2-1 presso il Santiago Bernabeu. Nella stessa stagione, il Celta arriva a disputare l’Europa League, ed il difensore argentino si rende protagonista di ottime prestazioni, che gli consentono di farsi notare da molte squadre europee.
Non sono poche le squadre che chiedono il cartellino di Roncaglia, ma alla fine è il Fiorentina a vincere la corsa per il giocatore sudamericano, ad agosto del 2015. Con la maglia viola si mette in mostra non solo per la versatilità, ma anche per la solida difesa, che consente alla squadra di Firenze di centrare l’obiettivo della qualificazione in Europa League.
Nella stagione 2016-2017 Roncaglia fa ritorno in Spagna, questa volta per vestire la maglia del Celta Vigo. Il difensore argentino è sempre un giocatore importante per la sua squadra, ed è in grado di alzare il livello di gioco degli uomini allenati da Eduardo Berizzo. Grazie alle sue grandi prestazioni, il Celta Vigo è riuscito ad arrivare fino alle semifinali dell’Europa League, dove ha regalato una notte indimenticabile ai suoi tifosi, con una rocambolesca vittoria per 3-2 contro il Manchester United.
Nell’estate del 2018 Roncaglia torna a giocare in Argentina, dopo tanti anni passati in Europa con la maglia di diverse squadre. Il giocatore argentino ha firmato per il Club Atlético Colón, la squadra della sua città natale, dove cerca di ricostruire una nuova esperienza, in un ambiente diverso da quello europeo. Si tratta certamente di una scelta inusuale e molto coraggiosa, ma che dimostra la grande passione che il difensore argentino ha per il calcio, e per la sua terra d’origine.