La séquence de Shine-Dalgarno (SD) est un motif nucléotidique spécifique présent dans les ARN messagers (ARNm) bactériens et joue un rôle crucial dans l’initiation de la traduction. Elle a été découverte par les microbiologistes britanniques John E. Shine et Lynn Dalgarno dans les années 1970 et depuis lors, elle a été largement étudiée pour sa contribution à la régulation de la traduction des protéines dans les bactéries.

La SD est une courte séquence d’ARN située en amont du codon d’initiation de la traduction. Typiquement, elle se trouve à proximité de 3 à 9 paires de bases en aval du site de fixation du ribosome au niveau de l’ARNm bactérien. La SD contient un motif de séquence conservée AGGAGG, bien que des variations aient été observées dans différents organismes bactériens.

La principale fonction de la séquence de Shine-Dalgarno est de faciliter l’appariement entre l’ARNm et l’ARN ribosomal (rARN). Lors de la traduction, le rARN se lie au SD grâce à des appariements de bases complémentaires entre le codon anti-SD du rARN et la SD de l’ARNm. Cette interaction permet d’aligner le site de liaison du ribosome sur le codon d’initiation, ce qui est essentiel pour l’efficacité de la traduction. Ainsi, la SD sert de site de reconnaissance pour le ribosome et joue un rôle majeur dans l’initiation de la traduction des protéines dans les bactéries.

En plus de son rôle dans l’initiation de la traduction, la séquence de Shine-Dalgarno peut également affecter l’efficacité de la traduction en fonction de sa séquence et de sa distance par rapport au codon d’initiation. Des études ont montré que des altérations dans la séquence ou la distance entre le SD et le codon d’initiation pouvaient avoir des effets sur l’efficacité de la traduction. Par exemple, une longue distance entre la SD et le codon d’initiation peut réduire l’efficacité de la traduction, tandis qu’une séquence de SD fortement complémentaire à son codon anti-SD peut faciliter davantage l’appariement et améliorer la traduction.

Il convient de noter que la séquence de Shine-Dalgarno est spécifique aux bactéries et n’est pas présente chez les eucaryotes. Les eucaryotes utilisent une autre séquence appelée séquence de Kozak, qui joue un rôle similaire dans l’initiation de la traduction, mais qui présente des différences significatives par rapport à la séquence de Shine-Dalgarno.

En conclusion, la séquence de Shine-Dalgarno est un motif nucléotidique spécifique présent dans les ARNm bactériens et joue un rôle crucial dans l’initiation de la traduction. Elle facilite l’appariement entre l’ARNm et le rARN, permettant ainsi l’alignement du site de liaison du ribosome sur le codon d’initiation. De plus, la séquence de Shine-Dalgarno peut affecter l’efficacité de la traduction en fonction de sa séquence et de sa distance par rapport au codon d’initiation. Cette séquence est spécifique aux bactéries et n’est pas présente chez les eucaryotes, qui utilisent une autre séquence appelée séquence de Kozak pour l’initiation de la traduction. La séquence de Shine-Dalgarno continue d’être étudiée pour mieux comprendre son rôle dans la régulation de la traduction des protéines bactériennes.

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